自民國88年本校設立護理管理系二技學制（本系前身）起，至今已有21年的歷史，開始一直以醫務管理系或護理管理系對外招生，民國94年本校第一次的科技大學專業系所評鑑，醫務管理系或護理管理系均榮獲評鑑一等的優良成績，顯示外界對本系用心辦學的成果相當肯定。後來，本系將醫務管理系或護理管理系相關資源進行整併，並配合健康產業的發展趨勢以及健康促進觀念的推廣，發展健康事業管理特色課程，自99學年起以「健康事業管理學位學程」繼續培養更多符合健康產業需求的專業人力，102學年起更名為「健康事業管理系」，107學年增設碩士班。目前有碩士班、二技能日間部、和四技日間部三種學制。
健康事業人才雙核： 健康管理=健康促進+經營管理(跨領域整合)。二大就業主導：醫療產業、連鎖健康流通產業管理師。
健康管理系教師專業能力強、教學技術能力強、行業實踐經驗強、產學關係強
醫療帳務、疾病分類、健康申報、行銷企劃、創新服務設計、研究協助、市場調查與資料分析師
雙核心+三個就業模組